Bowman se réveille après un second coma cryogénique. Alors qu'il s'attendait à être entouré des scientifiques de l'Arche, prêts à le soigner de son empoisonnement, il se retrouve seul dans un environnement qui lui est devenu inconnu. À la recherche de ses équipiers, il s'engage dans un monde foncièrement différent de celui qu'il connaissait, bien que radicalement marqué par les événements vécus à son époque : Bowman comprend que la planète n'a pas encore révélé sa principale menace. Seulement s'y attaquer peut s'avérer difficile dans un monde qui a régressé technologiquement et où les religions ont pris le pas sur la science.
